این سازمان که بودجه سالانه آن نزدیک به 15 میلیارد دلار است علی‌رغم اینکه 40 سال از عمر آن می‌گذرد و در چندین هزار سانجه و حادثه غیرطبیعی و طبیعی حضور داشته است، در مدیریت بحران بسیاری حوادث ناتوان و شکست خورده بوده است. توفان یا توفند ماریا در سپتامبر 2017 در پورتوریکو که ناپدید شدن 30 نفر را به‌همراه داشت از آن جمله است که سه و نیم میلیون نفر را در خاموشی کامل و قطع زیرساخت‌ها فرو برد و خدمات و کمک‌های حمایتی با تاخیر بسیار زیاد برای ساکنان جزیره توسط آژانس انجام شد. مقامات آژانس در طوفان پورتوریکو در برقراری ارتباط با مناطق جدا افتاده از جزیره ناتوان بودند و تا 72 ساعت نتوانستند به آن مناطق دسترسی پیدا کنند. آنها درکی روشن از آنچه که در جزیره اتفاق افتاده بود نداشتند و یک هفته بعد هنگامی که طوفان به طور کامل محو شده بود آنها توانستند نیمی از مسیرهای سیلاب و تصفیه‌خانه‌های فاضلاب را بررسی کنند. آنها حتی اطلاعاتی در مورد 37 بیمارستان از 69 بیمارستان موجود نداشتند. علی‌رغم تلاش‌های دولت ترامپ که سعی میکرد شکست‌های پیشین در مواجهه با بلایای طبیعی را جبران کرده و خود را موفق جلوه دهد این حادثه نیز عرصه‌ای دیگر از ناتوانی و شکست‌های سیستماتیک و پاسخ‌های پر هزینه به فجایع بود. در پی این حادثه ویلیام لونگ سرپرست آژانس در گزارشی در روزنامه واشنگتن‌پست نوشت که این بلایای طبیعی نشان می‌دهد که ساختار سازمانی فعلی ما کارایی لازم را ندارد و همکاری با سازمان‌های محلی به خوبی انجام نمی‌شود. ضعف آژانس مدیریت اضطراری فدرال مدت‌هاست آشکار شده است. پس از حادثه یازده سپتامبر و ناتوانی آژانس در مدیریت این فاجعه دولت فدرال مجبور شد در سال 2003 وزارت امنیت داخله را تاسیس کند و برخی از وظایف آژانس را به آن محول کند و آژانس را نیز ذیل و در درون این وزارتخانه جای دهد.
آژانس مدیریت اورژانس فدرال از زمان تاسیس همواره محل انتقاد بوده است که در مقاطعی این انتقاد شدیدتر شده است. بعد از طوفان کاترینا که در آن 1800 نفر کشته شدند و بیش از 800 هزار واحد مسکونی تخریب شد این انتقادات اوج گرفت و دولت فدرال و مشخصا آژانس متهم به تخمین نادرست و دست کم گرفتن طوفان شده بودند و مقدمات کار را فراهم نکرده بودند. بسیاری این انتقاد را اینگونه ادامه دادند که مایکل دی براون مدیر آژانس در آن زمان از تجربه کافی در زمینه واکنش به بلایای طبیعی برخوردار نبوده است و قبلا عضو انجمن اسب‌سواری بوده است و فقط از طریق دوستی با مشاور بوش به مدیریت آژانس رسیده است. آتش‌سوزی بزرگ کالیفرنیا در اکتبر 2017 یکی دیگر از میدان‌های آزمایش آژانس مدیریت اضطراری فدرال بود. این آتس‌سوزی که در حقیقت شامل 250 آتش‌سوزی کوچکتر می‌شد که 245 هزار هکتار وسعت داشت و طی آن حدود 60 نفر کشته شدند و حدود 13 میلیارد دلار خسارت به بار آورد. در این آتس‌سوزی که در واقع بزرگترین آتش‌سوزی در تاریخ مدرن کالیفرنیا تا آن زمان بود 230 هزار نفر مجبور به تخلیه محل زندگی خود شدند. حدود 11 هزار آتش‌نشان از 17 ایالت آمریکا درگیر این آتش بودند. 980 ماشین آتش‌نشانی، 106 بولدوزور 40 هلیکوپترو صدها تجهیزات دیگر به مبارزه با آتش پرداخته بودند، آتشی که حدود 13 هزار سازه را تخریب کرده بود. وزارت امنیت داخلی و آژانس مدیریت اضطراری مسئول مستقیم پاسخگویی به این حادثه بودند. اگرچه اولین مسئول و پاسخ‌دهنده سازمان‌ها و دولت‌های محلی بودند. در واقع برای اینکه دولت فدرال منابع را در اختیار FEMA قرار دهد باید مقامات محلی به طور رسمی از رئیس جمهور درخواست کنند تا او نیز بر اساس قانون کمک و امداد رسانی اضطراری منابع را اختصاص دهد. اما آنچه که مشخص است این فرایند به خوبی طی نمی‌شود.
در زمینه واکنش به آتش‌سوزی کمپ فایر که بزرگترین آتش‌سوزی تاریخ کالیفرنیا و بزرگترین آتش‌سوزی ایالات متحده از 1918 به این سو بوده است نیز وضع به همین منوال بوده است. این آتش‌سوزی که در 8 نوامبر سال 2018 و از نقطه ای شروع شد که طی 20 سال اخیر 13 آتش‌سوزی بزرگ را تجربه کرده است، 240 مایل مربع را در بر می‌گرفت و 18800 سازه را ویران کرد. طی این آتش‌سوزی که با سرعت 32 هکتار در دقیقه پیشروی میکرد مردم شهر پارادایس و دیگر شهرهای اطراف را در معرض هولناکترین فاجعه طبیعی تاریخ کالیفرنیا قرار می‌داد در جریان این آتش‌سوزی قریب به 100 نفر کشته شدن و بیش از صدها نفر ناپدید شدند و خسارتی 16.5 میلیارد دلاری به بار آمد. سرانجام پس از 17 روز سرانجام آتش مهار شد. روزنامه نیویورک تایمز با نگاهی طعنه آمیز در گزارشی در سال نوامبر 2018 در زمینه مدیریت بحران آتش‌سوزی بزرگ کمپ فایر کالیفرنیا عنوان می‌کند که آژانس مدیریت اورژانس فدرال معمولا به آرامی و با حوصله به بلایای بزرگ طبیعی پاسخ می‌دهد. برک لانگ سرپرست آژانس در گزارش به کمیته امنیت سنا در این خصوص گفت این جایگاه و موقعیت مناسب و مطلوب مدنظر ما نیست زمانی که آژانس مسئولیت بیشتری نسبت به آنچه در قانون برای آن تعیین شده می‌پذیرد و جاییکه ما اولین و اصلی‌ترین پاسخ دهنده به حادثه برای چندین هفته هستیم نمی‌توانیم سرعتی بالاتر از این وضعی که هست داشته باشیم.
به هر تقدیر نوامبر 2018 نقطه تاریکتری از مدیریت بحران آژانس مدیریت اضطراری فدرال نسبت به اکتبر 2017 به شمار می‌رود. حقیقت این است که ایالات متحده در زمینه مانیتورینگ شاخص‌ها و نشانگرها در کالیفرونیای شمالی و مرکزی و ترکیب آنها با پیش‌بینی‌های بلندمدت دچار اشتباه شده است. همچنین نقش کم‌رنگ آژانس در این آتش‌سوزی نشان‌دهنده این است که توانایی لازم برای مدیریت بحران قبل حین و بعد از فاجعه در ایالات متحده به خوبی انجام نمی‌شود و این کشور در حالی ادعای مدیریت بحران جهانی را دارد که از مدیریت بحران‌های طبیعی پرشمار خود نیز عاجز است.