این سازمان از ابتدای تشکیل خود در تاریخ پنجم آذرماه سال 58 به فرمان حضرت امام خمینی (ره) تا به امروز، همواره با پشتیبانی مردمی و حمایت تاثیرگذار مردم از این سازمان وظایف خود را به خوبی ایفا کرده و همواره پشتیبانی مردم را با خود داشته است، شاید بتوان گفت مردمی ترین نهاد انقلاب اسلامی همیشه مورد لطف مردم قرار گرفته، زیرا در مواقع بحرانی به فریاد ملت رسیده است.
تعداد کسانی که پس از فرمان امام (ره) برأی بسیج شدن مراجعه کردند بالغ بر یک میلیون نفر، در همان ماه اول بر آورد شده است، بطوری که دست اندرکاران امر بسیج توان ثبت نام و پاسخگویی به ارباب رجوع را نداشته اند و مدت ها در انتظار کلاس آموزش سلاح به سر بردند تا به دستور رهبری بسیج، عمل نمایند.
روند حرکت بسیج از صدور فرمان تا آغاز جنگ تحمیلی نشان می دهد در جهت آموزش و سازماندهی بسیجیان اقدام نموده که با داشتن متولیان متعدد و ناهماهنگ، در تحقق ارتش بیست میلیونی گام های اساسی بر داشته نشد، جریان سازی های موازی و برداشت های غیر اصولی از متن پیام و فرمان رهبر بسیج، مانع اصلی تحقق ارتش بیست میلیونی در این دوره به حساب می آید.
تحقق فرمایش امام خمینی (ره) مبنی بر تشکیل هسته‌های حزب الله، ایجاد توانایی‌ها و آمادگی‌های لازم دفاعی در آحاد مردم در دفاع از کشور، ایجاد توانایی‌های لازم رزمی در نیروهایی که توانایی شرکت در عملیات‌های کلاسیک و بزرگ را دارند، ایجاد توانایی‌های لازم در آحاد مردم به منظور کمک به هنگام بروز بلایا و حوادث غیر پیش‌بینی و کمک به دولت در امر سازندگی از مهم ترین اهداف بسیج بوده که تا کنون به آنها دست پیدا کرده است.
از ابتدای شکل گیری اسلام و تشکیل حکومت اسلامی توسط پیامبر(ص) در مدینه، مسجد مهم ترین سنگر و پایگاه برای دفاع از اسلام بود. به صورتی که مرکز حکومت و محل تصمیم های مهم مسجد بود.
همان طور که در ابتدا نیز اشاره شد اصلی ترین پشتیبان بسیج از ابتدای تشکیل تاکنون تمامی اقشار مردم کشورمان بود. اگر به بررسی تاریخچه دوران مبارزاتی مردم در طول مبارزات دویست سال گذشته بنگریم، همواره مساجد و فرهنگ حاکم بر مساجد محور اصلی مبارزات ملت انقلابی ایران بود. آیت الله کاشانی هم از مساجد آغاز به روشنگری مردم در قیام سال 31 کرد.
انقلاب بزرگ اسلامی ملت ایران نیز از همین مساجد آغاز و به سرانجام نهایی رسید، پس از پیروزی انقلاب نیز در دوران دفاع مقدس، مساجد یکی از اصلی ترین پایگاه های اعزام نیرو و پشتیبانی جبهه های نبرد بوده اند. پس از دوران دفاع مقدس عقیده برخی این بود که تشکیل واحدهای اقشار بسیج مانند بسیج دانشجویی، دانش آموزی، کارمندان و... شاید اهمیت مسجد به عنوان پایگاه فعالیت بسیج کمرنگ شود و بسیج مستقر در مساجد کارایی کم تری پیدا کند.
بیانات حضرت امام خمینی(ره) درباره رابطه بسیج و مساجد نکته مهمی را به ما یادآوری می کند، ایشان دراین باره می فرمایند؛ مساجد پایگاه اصلی بسیج است. بررسی دقیق سخنان حضرت روح الله حاکی از آن دارد که گرچه سایر اقشار بسیج از اهمیت درخور توجه برخوردار هستند، اما هنوز مسجد اصلی ترین پایگاه مردمی برای دفاع از انقلاب و بهترین محل تجمع برای بسیجیان که مدافعان اصلی نظام مقدس جمهوری اسلامی هستند، است.
نکته جالب این است که بسیج خود را تصمیم‌گیر اصلی مسجد نمی‌داند، بلکه این نقش را برای امام جماعت قائل است و تلاش دارد معین و کمک کار امام جماعت باشد، با این وجود با نگاه به کارکرد‌های مختلف مسجد، فعالیت بسیج در آنها مشهود است.
امروز بسیج مشغول به ارائه خدمات متنوعی اعم از جلسات علمی، خدمت رسانی، اردویی، زیارتی، سازندگی و محرومیت زدایی و ... است. فعالیت های متنوع بسیج موجب احیای ابعاد خدمات رسانی در مساجد شده و نگاه‌ها را به مسجد از یک مرکز صرفا عبادی تغییر داده است.
سازمان بسیج مستضعفین در رویکرد جدید خود مسأله مسجد محوری را به طور جدی در دستور کار خود قرار داده و تلاش دارد بسیج بیش از پیش به متولیان دیگر مسجد برای رسیدن به حالت مطلوب یاری رسانده و خود بسیجیان نیز به طور مضاعف بهره‌مند از مسجد و برکات آن شوند.
مولفه های مهمی در رابطه بسیج و مساجد وجود دارد؛ اولین مولفه را می توان صرف وقت بیشتری توسط اعضای بسیج مساجد نسبت به سایر اقشار بسیج دانست. مولفه بعدی اما این مورد است که حضور در پایگاه بسیج مسجد همواره با بار معنوی اقامه وظایف عبادی است که همین مورد وجه تمایز بسیج با سایر نیروهای نظامی جهان است.
سومین مولفه درباره بسیج مساجد حضور همه اقشار در مسجد و استفاده از توان آنها برای پیشبرد امور انقلاب و ترویج اسلام و ترویج علم و علم آموزی است. مولفه چهارم در این بخش حضور افراد از سنین ابتدایی زندگی خود در مساجد بوده، به همین دلیل واحد بسیج مساجد مهم ترین بخش آماده سازی زیرساخت های سایر اقشار بسیج است.
پنجمین و آخرین مولفه که شاید نقش مهمی هم دارد، مدت زمان حضور مردم به همراه خانواده خود در مساجد نسبت به سایر اماکن نظیر دانشگاه و ادارات بیشتر است، زیرا مردم اغلب ساعات اوقات فراغت و روزهای تعطیل خود را در مساجد سپری کرده پس فعالیت های آنان در بسیج مساجد اثر بخشی بیشتری نسبت به سایراقشار دارد.