ساختار اداری داعش در شش شورای مختلف تقسیم شده است که هر کدام را یک افسر سابق ارتش عراق مدیریت می کند. این شوراها عبارت است از:
1ـ شورای نظامی: ریاست این شورا را ولید العلوانی (ابواحمد العلوانی) به عهده داشته و شامل سه عضو است. این افراد از سوی خلیفه داعش تعیین شده و ماموریت شان نظارت بر عملیات نظامی داعش است.
2ـ شورای دفاعی ـ امنیتی و اطلاعاتی (یا کمیته امنیتی شرعی): ریاست این شورا به عهده ابوعلی الانباری عراقی تبار است؛ کسی که معاون البغدادی در سوریه به شمار می رود و نقشی تعیین کننده در تشکیلات داعش دارد. بخشی از ماموریت او تامین امنیت خلیفه البغدادی است که زیرنظر او برنامه ریزی می شود. او اطلاعات را از منابع مختلف گردآوری کرده و بر اساس آن دستورات صادر می شود.
3ـ شورای قضایی: ریاست این شورا را ابومحمد العانی عهده دار است. ماموریت این شورا نظارت بر تمام مسائل شرعی و قضایی مرتبط با «دولت اسلامی» است.
4ـ شورای مرکزی: ابو ارکان الامیری که عراقی تبار است، ریاست شورای مرکزی را به عهده دارد. این شورا دارای 11 عضو است که خلیفه البغدادی آنها را تعیین می کند و کارش نظارت بر تمام امور تشکیلات داعش است.
5 ـ شورای مالی: ریاست این شورا را موفق مصطفی محمد الکرموش عراقی تبار عهده دار است.
6 ـ شورای رسانه ای: ابوالاثیر عمر العبسی که او نیز عراقی تبار است، رئیس این شوراست و تعدادی از کارشناسان حوزه رسانه و شبکه های اجتماعی و تبلیغاتی با او همکاری دارند.
وزارتخانه ها
داعش به موازات تشکیل این شوراهای شش گانه، تعدادی وزارتخانه تاسیس کرده که وظایف اجرایی را به عهده دارند. در راس هر یک از اینها یک وزیر قرار دارد. نکته جالب توجه این که وزارتخانه ها بعد از ریاست البغدادی وارد قاموس این تشکیلات شد؛ زیرا وی اصلاحاتی ریشه ای در ساختار داعش به وجود آورد و برای خود معاونانی منصوب کرد و وزارتخانه ها را هم تغییر داد و آنها را به صورت شوراهایی تخصصی درآورد. پیش از ابوبکر البغدادی، ابوعبدالله البغدادی سال 2009 اعلام حکومت کرد و این کار از سال 2006 دومین بار بود.
استانداران
البغدادی در عوض حدود 15والی یا استاندار برای مناطق مختلف معرفی کرد که هریک به صورت مستقل استانی را اداره می کند. ازجمله:
1ـ استاندار رقه: فردی سوری تبار به نام صبحی فلاحه (ابو محمد العدنانی) است که سخنگوی رسمی این گروه نیز به شمار می رود.
2ـ استاندار بغداد: احمد عبدالقادر الجزاع (ابومیسره) عراقی تبار.
3ـ استاندار صلاح الدین: فردی به نام وسام عبد زید الزبیدی (ابو نبیل). عراقی تبار است. اخیرا خبرهایی از کشته شدن او منتشر شده یا گفته می شود به لیبی رفته است.
4ـ استاندار کرکوک: فردی عراقی تبار به نام عبد نایف الجبوری (ابو فاطمه).
5 ـ استاندار مرزها: فردی به نام رضوان طالب حسین اسماعیل الحمدونی (ابوجرناس).
6 ـ استاندار جنوب عراق و فرات میانه: فردی عراقی تبار به نام احمد محسن خلف الجحیشی (ابوفاطمه).
7ـ استاندار حلب: فردی سوری تبار به نام عمر العبسی (ابو اثیر العبسی) که خبرهایی حاکی از برکناری او در سال گذشته منتشر شد.
8 ـ استاندار دمشق: فردی عراقی تبار به نام ابوایوب.
9ـ استاندار دیرالزور: فردی عراقی تبار به نام حاجی عبدالناصر.
10ـ استاندار حمس و بادیه: فردی به نام ابویحیی العراقی.
11ـ استاندار الحسکه: فردی به نام ابواسامه العراقی.
12ـ استاندار نینوا: فردی ناشناس چون هنوز معلوم نیست خلیفه داعش بعد از برکناری عدنان لطیف حامد السویداوی چه کسی را جانشین او کرده است. او استاندار الانبار بود که کشته شد.
فرماندهان نظامی
اطراف بغداد را تعدادی از فرماندهان نظامی احاطه کرده اند که مهم ترینشان عبارتند از:
طارخان باتیراشفیلی یا همان عمر چچنی، وهیب شاکر الفهداوی (ابو وهیب)، لاوادریم موهسکری آلبانیایی تبار که به ابوعبدالله الکوزویی معروف است. ابوخطاب الکردی عراقی تبار که نبرد در عین العرب یا کوبانی را رهبری می کرد. ابو حذیفه الیمنی، ابوعمر (بکسور) عراقی. احمد ابوسمراء آمریکایی ـ سوری تبار. ترکی البنغلی البحرینی (ابوهمام الاثری) که یکی از فرماندهان معروف و نظریه پردازان تشکیلات داعش بخصوص بعد از کشته شدن عثمان آل نازح است. دیگر فرماندهان معروف این تشکیلات عبارت است از: عبدالله المشهدانی عراقی تبار کسی که گفته می شود مسئول انتقال ستیزه جویان عرب و استشهادی ها بوده است. بشار اسماعیل الحمدانی، مسئول پیگیری پرونده اسرا، عبدالواحد خضیر احمد مسئول امنیت عمومی، ابوعمر الترکمانستانی و طاهر بن طاهر بین الفالح العونی الحرزی تونسی که پنتاگون اعلام کرد او در یک حمله هوایی به موصل کشته شده است. او یکی از متهمان قتل سفیر آمریکا در بنغازی است.
سپاهیان خلیفه
با شروع حملات ائتلاف بین المللی ضدداعش در سوریه و عراق، رهبری این گروه ساختار تشکیلاتی خود را در سوریه به شش ایالت تقسیم کرد که ارتش هر ایالتی برای خود استقلال در تصمیم گیری داشت. به این ترتیب داعش دارای چند ارتش متفاوت در نقاط مختلف به این شرح شد:
1ـ سپاه رقه: بزرگ ترین ارتش داعش در سوریه که تعداد ستیزه جویانش به 11 هزار نفر می رسد و فردی سوری تبار به نام علی الحمود ملقب به علی موسی الشواخ (ابولقمان) فرماندهی آن را به عهده دارد. الحمود قبلا در سوریه زندانی بود و یکی از رهبران گروه های مخالف در این کشور به شمار می رفت. در استان رقه تعدادی از سران تشکیلات داعش حضور دارند که یکی از آنها عبدالله الشوخ سوری و توباد البرج العبد الهادی عراقی است که مسئولیت پرونده عشایر را به عهده دارد. ابوعبدالرحمان السهو (مسئول امنیتی)، ابوحمزه الریاضیات (مسئول امنیتی)، ابوحسن الفراتی (مسئول امنیتی)،ابو احلام الانباری (فرمانده) و ابوعقبه الجزراوی.
2ـ سپاه حلب: با حدود 11 هزار نیرو که ابواسامه التونسی آن را هدایت می کند. وی در شهر الباب در حومه حلب زندگی می کند. بجز او حسان عبود السرمینی نیز فرمانده گردان سابق داوود یکی از فرماندهان همین سپاه است.
3ـ سپاه دیرالزور: با حدود 9000 نیرو که توسط احمد المحمد العبید (ابودجانه الزر) رهبری می شود.
4ـ سپاه ولایت حسکه: با حدود 6000 نیرو که گفته می شود عبدالمحسن الزغیلان الطارش که یکی از فرماندهان برجسته داعش است، رهبری آن را به عهده دارد.
5 ـ سپاه حمص: با حدود 4000 نیرو به رهبری ابوطلحه الالمانی که خواننده رپ بود. در گذشته محمدحسین حمید این سپاه را مدیریت می کرد و در یکی از جنگ ها کشته شد.
6 ـ سپاه دمشق: با حدود 1500 نیرو.