حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در نامه‌ای به آقای روحانی رئیس‌جمهور و رئیس شورای عالی امنیت ملی، با اشاره به بررسی‌های دقیق و مسئولانه‌ی برجام در مجلس شورای اسلامی و شورای عالی امنیت ملی و عبور این موافقتنامه از مجاری قانونی، دستورات مهمی را درخصوص رعایت و حفظ منافع ملی و مصالح عالیه‌ی کشور صادر و با برشمردن تأکیدات و الزامات ۹ گانه در اجرای برجام، مصوبه‌ی جلسه‌ی ۶۳۴ مورخ ۹۴/۵/۱۹ شورای عالی امنیت ملی را با رعایت این موارد و الزامات تأیید کردند.
متن نامه به شرح زیر می باشد:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
جناب آقای روحانی
رئیس‌جمهور اسلامی ایران و رئیس شورای عالی امنیت ملی دامت‌توفیقاته
با سلام و تحیت،
اکنون که موافقتنامه‌ی موسوم به برجام پس از بررسی‌های دقیق و مسئولانه در مجلس شورای اسلامی، کمیسیون ویژه و دیگر کمیسیون‌ها و نیز در شورای عالی امنیت ملی سرانجام از مجاری قانونی عبور کرده و در انتظار اعلام نظر اینجانب است، لازم می‌دانم نکاتی را یادآور شوم تا جنابعالی و دیگر دست‌اندرکاران مستقیم و غیرمستقیم آن، فرصت‌های کافی برای رعایت و حفظ منافع ملی و مصالح عالیه‌ی کشور در اختیار داشته باشید.
۱ـ پیش از هر چیز لازم می‌دانم از همه‌ی دست‌اندرکاران این فرآیند پرچالش، در همه‌ی دوره‌ها
از جمله: هیئت مذاکره‌کننده‌ی اخیر که در توضیح نقاط مثبت و در اصل تثبیت آن نقاط همه‌ی سعی ممکن خود را به کار بردند، و نیز از منتقدانی که با ریزبینی قابل تحسین، نقاط ضعف آن را به همه‌ی ما یادآور شدند و مخصوصاً از رئیس و اعضاء کمیسیون ویژه‌ی مجلس و نیز از اعضای عالی‌مقام شورای عالی امنیت ملی که با درج ملاحظات مهم خود برخی از نقاط خلأ را پوشش دادند، و سرانجام از رئیس و نمایندگان مجلس شورای اسلامی که با تصویب طرحی محتاطانه، راه درست اجرا را به دولت ارائه کردند؛ و نیز از رسانه‌ی ملی و نویسندگان مطبوعات کشور که با همه‌ی اختلاف نظرها در مجموع، تصویر کاملی از این موافقتنامه در برابر افکار عمومی نهادند، قدردانی خود را اعلام دارم. این مجموعه‌ی پرحجم کار و تلاش و فکر در مسأله‌ئی که گمان می‌رود از جمله‌ی مسائل به یاد ماندنی و عبرت‌آموز جمهوری اسلامی باشد، درخور تقدیر و مایه‌ی خرسندی است. به همین دلیل با اطمینان می‌توان گفت که پاداش الهی برای این نقش‌آفرینی‌های مسئولانه، مشتمل بر نصرت و رحمت و هدایت ذات حضرت حق خواهد بود ان‌شاءالله؛ زیرا وعده‌ی نصرت الهی در برابر نصرت دین او تخلف‌ناپذیر است.
۲ـ جنابعالی با سابقه‌ی چند دهه حضور در متن مسائل جمهوری اسلامی طبعاً دانسته‌اید که دولت ایالات امریکا در قضیه‌ی هسته‌ئی و نه در هیچ مسأله‌ی دیگری، در برابر ایران رویکردی جز خصومت و اخلال در پیش نگرفته است و در آینده هم بعید است جز این روش عمل کند. اظهارات رئیس‌جمهور امریکا در دو نامه به اینجانب مبنی بر اینکه قصد براندازی جمهوری اسلامی را ندارد، خیلی زود با طرفداریش از فتنه‌های داخلی و کمک مالی به معارضان جمهوری اسلامی، خلاف واقع از آب درآمد و تهدیدهای صریح وی به حمله نظامی ـو حتی هسته‌ئی که می‌تواند به کیفرخواست مبسوطی علیه وی در دادگاه‌های بین‌المللی منتهی شودـ پرده از نیت واقعی سران آمریکا برداشت. صاحبنظران سیاسی عالم و افکار عمومی بسیاری از ملت‌ها به‌وضوح تشخیص می‌دهند که عامل این خصومت تمام‌نشدنی، ماهیت و هویت جمهوری اسلامی ایران است که برخاسته از انقلاب اسلامی است. ایستادگی بر مواضع بر حق اسلامی در مخالفت با نظام سلطه و استکبار، ایستادگی در برابر زیاده‌طلبی و دست‌اندازی به ملت‌های ضعیف، افشای حمایت امریکا از دیکتاتوری‌های قرون وسطائی و سرکوب ملت‌های مستقل، دفاع بی‌وقفه از ملت فلسطین و گروه‌های مقاومت میهنی، فریاد منطقی و دنیاپسند بر سر رژیم غاصب صهیونیست، قلم‌های عمده‌ئی را تشکیل می‌دهند که دشمنی رژیم ایالات متحده امریکا را بر ضد جمهوری اسلامی، برای آنان اجتناب‌ناپذیر کرده است. و این دشمنی تا هنگامی که جمهوری اسلامی با قدرت درونی و پایدار خود، آنان را مأیوس کند ادامه خواهد داشت.
چگونگی رفتار و گفتار دولت امریکا در مسأله‌ی هسته‌ئی و مذاکرات طولانی و ملال‌آور آن، نشان داد که این نیز یکی از حلقه‌های زنجیره‌ی دشمنی عنادآمیز آنان با جمهوری اسلامی است. فریبکاری آنان در دوگانگی میان اظهارات اولیه‌ی آنان که با نیت قبول مذاکره‌ی مستقیم از سوی ایران انجام می‌شد، با نقض عهدهای مکرّر آنان در طول مذاکرات دوساله و همراهی آنان با خواسته‌های رژیم صهیونیستی و دیپلماسی زورگویانه‌ی آنان در رابطه با دولت‌ها و مؤسسات اروپائی دخیل در مذاکرات، همه نشان‌دهنده‌ی آن است که ورود فریبکارانه‌ی آمریکا در مذاکرات هسته‌ئی، نه با نیت حل و فصل عادلانه، که با غرض پیشبرد هدف‌های خصمانه‌ی خود درباره‌ی جمهوری اسلامی صورت گرفته است.
بیشک حفظ هوشیاری نسبت به نیّات خصمانه دولت آمریکا و ایستادگی‌هایی که بر اثر آن در طول مسیر مذاکرات از سوی مسئولان جمهوری اسلامی به کار رفت، توانست در موارد متعدّدی از ورود زیان‌های سنگین جلوگیری کند.
با این حال محصول مذاکرات که در قالب برجام شکل گرفته است دچار نقاط ابهام و ضعف‌های ساختاری و موارد متعددی است که در صورت فقدان مراقبت دقیق و لحظه‌به‌لحظه، می‌تواند به خسارت‌های بزرگی برای حال و آینده‌ی کشور منتهی شود.
۳ـ بندهای نه‌گانه قانون اخیر مجلس و ملاحظات ده‌گانه‌ی ذیل مصوبه‌ی شورای عالی امنیت ملی، حاوی نکات مفید و مؤثر است که باید رعایت شود، با این حال برخی نکات لازم دیگر نیز هست که همراه با تأکید بر تعدادی از آنچه در آن دو سند آمده است، اعلام می‌گردد.
اولاً: از آنجا که پذیرش مذاکرات از سوی ایران اساساً با هدف لغو تحریم‌های ظالمانه اقتصادی و مالی صورت گرفته است و اجرایی شدن آن در برجام به بعد از اقدام‌های ایران موکول گردیده، لازم است تضمین‌های قوی و کافی برای جلوگیری از تخلف طرف‌های مقابل، تدارک شود، که از جمله‌ی آن اعلام کتبی رئیس‌جمهور امریکا و اتحادیه‌ی اروپا مبنی بر لغو تحریم‌ها است. در اعلام اتحادیه‌ی اروپا و رئیس‌جمهور امریکا باید تصریح شود که این تحریم‌ها به‌کلی برداشته شده است. هرگونه اظهاری مبنی بر اینکه ساختار تحریم‌ها باقی خواهد ماند، به منزله‌ی نقض برجام است.
ثانیاً: در سراسر دوره‌ی ۸ ساله وضع هرگونه تحریم در هر سطح و به هر بهانه‌ای (از جمله بهانه‌های تکراری و خودساخته‌ی تروریسم و حقوق بشر) توسط هر یک از کشورهای طرف مذاکرات، نقض برجام محسوب خواهد شد و دولت موظف است طبق بند ۳ مصوبه‌ی مجلس اقدام‌های لازم را انجام دهد و فعالیت‌های برجام را متوقف کند.
ثالثاً: اقدامات مربوط به آنچه در دو بند بعدی آمده است، تنها هنگامی آغاز خواهد شد که آژانس پایان پرونده‌ی موضوعات حال و گذشته (pmd) را اعلام نماید.
رابعاً: اقدام در مورد نوسازی کارخانه‌ی اراک با حفظ هویت سنگین آن، تنها در صورتی آغاز خواهد شد که قرارداد قطعی و مطمئن درباره‌ی طرح جایگزین و تضمین کافی برای اجرای آن منعقد شده باشد.
خامساً: معامله‌ی اورانیوم غنی‌‌شده‌ی موجود در برابر کیک زرد با دولت خارجی در صورتی آغاز خواهد شد که قرارداد مطمئن در این‌‌باره همراه با تضمین کافی منعقد شده باشد. معامله و تبادل مزبور باید به تدریج و در دفعات متعدد باشد.
سادساً: مطابق مصوبه‌ی مجلس، طرح و تمهیدات لازم برای توسعه‌ی میان‌مدت صنعت انرژی اتمی که شامل روش پیشرفت در مقاطع مختلف از هم‌اکنون تا ۱۵ سال و منتهی به ۱۹۰ هزار سو است، تهیه و با دقت در شورای عالی امنیت ملی بررسی شود. این طرح باید هرگونه نگرانی ناشی از برخی مطالب در ضمائم برجام را برطرف کند.
سابعاً: سازمان انرژی اتمی، تحقیق و توسعه در ابعاد مختلف را در مقام اجرا به‌گونه‌ای ساماندهی کند که در پایان دوره‌ی ۸ ساله هیچ کمبود فناوری برای ایجاد غنی‌سازی مورد قبول در برجام وجود نداشته باشد.
ثامناً: توجه شود که موارد ابهام سند برجام، تفسیر طرف مقابل مورد قبول نیست و مرجع، متن مذاکرات است.
تاسعاً: وجود پیچیدگی‌ها و ابهام‌ها در متن برجام و نیز گمان نقض عهد و تخلفات و فریبکاری در طرف مقابل بویژه امریکا، ایجاب می‌کند که یک هیئت قوی و آگاه و هوشمند برای رصد پیشرفت کارها و انجام تعهدات طرف مقابل و تحقق آنچه در بالا بدان تصریح شده است، تشکیل شود. ترکیب و وظائف این هیئت باید در شورای عالی امنیت ملی تعیین و تصویب شود.
با توجه به آنچه ذکر شد، مصوبه‌ی جلسه ۶۳۴ مورخ ۹۴/۵/۱۹ شورای عالی امنیت ملی با رعایت موارد یاد شده تأیید می‌شود.
در خاتمه همان‌طور که در جلسات متعدد به آن جناب و دیگر مسئولان دولتی یادآور شده و در جلسات عمومی به مردم عزیزمان گوشزد کرده‌ام، رفع تحریم‌ها هر چند از باب رفع ظلم و احقاق حقوق ملت ایران کار لازمی است، لیکن گشایش اقتصادی و بهبود معیشت و رفع معضلات کنونی جز با جدی گرفتن و پیگیری همه‌جانبه‌ی اقتصاد مقاومتی میسر نخـواهد شـد. امید است که مراقبت شود که این مقصود با جدیت تمام دنبال شود و بخصوص به تقویت تولید ملی توجه ویژه صورت گیرد و نیز مراقبت فرمائید که وضعیت پس از برداشته شدن تحریم‌ها، به واردات بی‌رویه نینجامد، و بخصوص از وارد کردن هرگونه مواد مصرفی از امریکا جداً پرهیز شود.
توفیقات جنابعالی و دیگر دست‌اندرکاران را از خداوند متعال مسألت مینمایم.