گر چه خود حضرت علی (ع) و فرزندان حضرت زهرا علیهاسلام،جایگاه دفن حضرت زهرا (س) را می دانستند ولی سفارش های فاطمه (س) در مورد اخفاء قبر به طوری جدی و مؤکد بود که هیچ یک از آنان حاضر نشدند آن را معرفی کنند حتی کاری نکردند که از آثار و قرائن موضع قبر شناخته شود. ائمه اطهار هم یقینا از موضع قبر مطلع بودند، ولی اجازه نداشتند که این سر الهی را آشکار سازند.
ولی در عین حال، اهل تحقیق از آن صرف نظر نکردند و بعضی از نقاط را به عنوان محل دفن حضرت زهرا، با توجه به قرائن و شواهد معرفی کرده اند.
احتمال اول
بین خانه و منبر پیامبر
یکی از گزینه‌های قوی در خصوص موضع قبر حضرت فاطمه(س) بین منبر و خانه رسول خدا در مسجد النبی است که به روضه رسوال الله معروف است.
علامه مجلسی از محمد بن همام نقل کرده: «علی (ع) فاطمه را در روضه پیامبر مدفون ساخت ولی آثار قبر را بکلی از بین برد.» و باز مجلسی از فضه کنیزه زهرا (س) روایت کرده که در روضه رسول خدا (ص) بر فاطمه نماز خواندند و همانجا مدفون شد.
شیخ طوسی در این باره می فرماید:« ظاهرا فاطمه (س) را در روضه پیغمبر دفن کرده اند و از جمله شواهدی که می توان برای این احتمال اقامه کرد ، حدیثی است که از رسول خدا (ص) نقل شده که فرمود:« بین قبر من و منبرم روضه ای است از روضه های بهشت.» در کتاب معانی الاخبار شیخ صدوق روایت مهمی در این خصوص ذکر شده است، در صفحه 267 این کتاب آمده:« از امام صادق سوال شد چرا پیامبر اکرم(ص) فرموده‌اند ما بین قبرو منبرم باغی از باغ‌ها بهشت است؟ امام جواب دادند چون که قبر فاطمه (س) در این موضع قرار دارد، قبر مادر ما باغی از باغ‌های بهشت است و دری از بهشت به آن باز می‌‌شود.» با این حال مرحوم صدوق پس از نقل این روایت می‌نویسد:«این روایت فقط نقل شده و قابل تایید نیست، من برای بیان منظورم آن را آورده‌ام.» ابن شهر اشوب نیز از شيخ طوسى نقل كرده است: «آن حضرت را در روضه ى پيامبر صلى اللَّه عليه و آله زيارت مى كنى زيرا همانجا محل دفن حضرت زهراست».
احتمال دوم
خانه حضرت
دومین موضعی که احتمال می‌رود موضع دفن صدیقه طاهره باشد، خانه و اتاق حضرت است. در در جلد 43 بحارالانوار نیز روایتی در تایید این موضع قرار دارد که از امام رضا(ع) روایت شده است:« احمد بن محمد بن ابى بصير مى گويد: از امام رضا (ع) از محل دفن فاطمه ى زهرا عليهاالسلام پرسيدم، فرمود:« دُفِنتْ فى بيتها فلمّا زادتْ بنو اُميّة فى المسجد صارت فىالمسجد/در خانه ى خود دفن است و هنگامى كه بنى اميه مسجد را بزرگ كردند، در صحن مسجد قرار گرفت». شیخ صدوق نیز این گزینه را محتمل‌تر می داند، او در کتاب معانی الاخبار در این باره نوشته است:«نظر من در بابا محل دفن حضرت فاطمه، همان است که پدرم فرمود؛ اینکه روایت شده از امام رضا(ع) که قبر حضرت در خانه‌اش قرار دارد. البته برخی مورخان دلایل غیر نقلی هم برای این ادعا آوردند. مثلا گفته اند که چون مولا علی قصد داشته قبر همسرش مخفی بماند، در همان خانه ایشان را دفن کرده و تا صبح مشغول حفر قبرهای خالی در بقیع شده که مدفن همسرش افشاء نشود. موضوع ديگرى كه ظن انسان رادرباره این احتمال قوى تر مى كند، اين است كه امير مؤمنان پس از پوشانيدن جسد فاطمه، رو به قبر شريف پيامبر كرد و گفت: اى رسول خدا وديعه ى خود را به تو برگردانيدم ، او وارد به تو و مهمان تو مى شود. ..
اين قبر باید نزدیک به آنها باشد، پس بعید نیست که حضرت در خانه اش دفن شده باشد که امروز موضع دفن رسول الله شده است.
احتمال سوم
قبرستان بقیع
برخی مورخان و محدثان نیز معتقدند که قبر حضرت فاطمه در قبرستان بقیع و به احتمال قوی در جوار قبور ائمه اطهار قرار دارد که تا چند سال پیش مسجدی در آن قرار داشت. شيخ طوسى در جلد 6 کتاب شریف التهذیب به اختلاف علماى شيعه در اينباره اشاره می‌کند و می‌گوید: «علماى ما در محل دفن فاطمه ى زهرا عليهاالسلام اختلاف كرده اند؛ بعضى از آنها گفته اند در قبرستان بقيع دفن شده و بعضى گفته اند در روضه ى پيامبر و برخى ديگر گفته اند در خانه ى خود مدفون است . به نظر من بهتر است آن حضرت را در دو محل (مسجد پيامبر و قبرستان بقيع) زيارت كرد». مسعودى نیز در کتاب مروج الذهب ، آنجا كه از محل دفن امام صادق (ع)سخن به ميان آورده، گفته است: «آن حضرت در جوار قبر پدرش و جدش در بقيع دفن شده روى قبر آنها سنگ مرمرى است كه در آن نوشته شده است: بسم اللَّهِ الرَّحمنِ الرَّحِيمَ. الحمدُ للَّهِ مُبيد الأُمم و مُحيى الرّمم هذا قبر فاطمة بنت رسول الله صلى اللَّه عليه و آله سيدة نساء العالمين و قبر الحسن بن على بن ابى طالب و على بن الحسين بن على بن ابيطالب و محمد بن على و جعفر بن محمد رَضى اللَّهُ عَنه. » بدين ترتيب مسعودى محل دفن فاطمه ى زهرا را در بقيع مى داند.
صاحب کتاب عمدة الأخبار نیز گفته است: «قبر فاطمه دختر رسول خدا داخل مقبره ى عباس- عموى پيغمبر- و در كنار قبر او و قبر پسرش امام حسن مجتبى عليه السلام است، امام حسن هنگامى كه نزديكى رحلت خود را احساس كرد، فرمود: ادفنونى جنبَ اُمّى فاطمة و ذلك بعد أن منع مِن عند جدّه صلى اللَّه عليه و آله/ اگر از دفن جنازه ى من در روضه ى پيامبر مانع شدند، در كنار قبر مادرم فاطمه دفن كنيد .» البته در اينجا معلوم نيست منظورش فاطمه دختر رسول خدا و يا فاطمه بنت اسد مادر امير مؤمنان است، زيرا هر دو مادر امام حسن هستند.
علامه ى شيخ سراج الدين، مؤلف «تاريخ الإسلام والرجال» مى گويد: گفته شده قبر فاطمه دختر پيامبر در بقيع در آن مسجدى است كه به خود او منسوب است و آن به «بيت الأحزان» معروف است .»