اداره کل پدافند غیرعامل به صورت مستقیم زیر نظر وزیر صنعت، معدن و تجارت فعالیت کند.

همچنین مرکز ملی فرش، مرکز حراست، مرکز روابط عمومی و اطلاع‌رسانی، دفتر وزارتی، دفتر مدیریت عملکرد، دفتر نمایندگی تام الاختیار تجاری، دفتر امور ایمنی، محیط زیست و انرژی و اداره کل پدافند غیرعامل نیز به صورت مستقیم زیر نظر وزیر صنعت، معدن و تجارت فعالیت می‌کنند.

شوراها و هیئت‌های وابسته به وزارت صنعت، معدن و تجارت نیز شامل شورای عالی توسعه صنایع دریایی، شورای عالی معادن، شورای عالی نظارت بر اتاق ایران، هیئت عالی حمایت از صنایع و هیئت عالی نظارت بر سازمان‌های صنفی کشور هستند.

همچنین موسسه‌ها و شرکت‌های دولتی وابسته به وزارت صنعت، معدن و تجارت شامل سازمان توسعه تجارت ایران، سازمان حمایت مصرف‌کنندگان و تولیدکنندگان، شرکت بازرگانی دولتی ایران، مرکز توسعه تجارت الکترونیکی، صندوق ضمانت صادرات ایران، سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران، سازمان توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران، سازمان صنایع کوچک و شهرک‌های صنعتی ایران، سازمان زمین‌شناسی و اکتشافات معدنی کشور، بانک صنعت و معدن، شرکت سهامی نمایشگاه‌های بین‌المللی ایران، موسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی، دانشگاه صنایع معادن ایران، شرکت پشتیبانی امور دام، شرکت سهامی فرش ایران، شرکت دخانیات ایران و صندوق حمایت از تولیدات صنعتی ایران هستند.

از این موسسه‌ها و شرکت‌ها قرار است موسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی و دانشگاه صنایع و معادن از زیرمجموعه وزارت صنعت، معدن و تجارت خارج شوند. دو شرکت سهامی فرش ایران و شرکت دخانیات ایران هم در حال واگذاری هستند. صندوق حمایت از تولیدات صنعتی نیز از ادغام چهار صندوق سابق تشکیل شده است.

عمده ساختار جدید وزارت صنعت، معدن و تجارت مشابه ساختاری است که این وزارتخانه از بعد از ادغام تاکنون داشته است. تنها تغییرات رخ داده شامل اضافه شدن یک قائم مقام جدید برای وزیر، قرارگیری مرکز برنامه‌ریزی و نظارت بر دخانیات در زیرمجموعه معاونت امور صنایع، تصریح بر واگذاری شرکت‌های سهامی فرش و دخانیات و تاکید بر خروج موسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی و دانشگاه صنایع و معادن از زیرمجموعه وزارت صنعت، معدن و تجارت بوده است.