متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم پرهیزگار و معلّم اخلاق جناب حجةالاسلام آقای حاج‌سید علی‌اکبر حسینی موسوی رحمةالله‌علیه را به خاندان گرامی و فرزندان محترم و دیگر بازماندگان و نیز به شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض میکنم.
خدمات ارزنده‌ی این روحانی بااخلاص و پرتلاش چه در آموزشهای سودمند در رسانه‌ی ملی و چه در مجلس شورای اسلامی و چه در محیط مسجد و محراب، معرّف چهره‌ی نورانی یک عالمِ خدمتگزار و باابتکار است.
از خداوند متعال علوّ درجات آن مرحوم و رحمت و مغفرت الهی برای ایشان و صبر و اجر برای بازماندگانشان مسألت میکنم.
سید علی خامنه ای
۲ تیر ۱۳۹۷»