متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر خبر درگذشت روحانی عالیقدر و دانشمند جناب حجة‌الاسلام آقای دکتر احمد احمدی رحمةالله‌علیه را دریافت کردم. عمر با برکت این دانش آموخته‌ی فاضل حوزه و دانشگاه یکسره در خدمت علم و تحقیق و تربیت جوانان جویای علم بوده است. مسئولیت‌های مهم این عنصر خدوم و پر کار در مسائل دانشگاهی در دوران انقلاب و جمهوری اسلامی فصل درخشانی از زندگی ایشان است.
عضویت دهها ساله در شورای عالی انقلاب فرهنگی، ایجاد و اداره‌ی مؤسسه‌ی سمت، مدیریت بخشهای مهم و حساسی از مجموعه‌ی دانشگاهی کشور، بخشهای برجسته‌ئی از این دوران است. اینجانب درگذشت این مرد انقلابی و وفادار را به خاندان و فرزندان محترم و همکاران و شاگردان و دوستان ایشان تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت میکنم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۹ خرداد ماه ۱۳۹۷