رهبر معظم انقلاب اسلامی گفتند: مرحوم علامه جعفری نسبت به مسائل دینی متعصب بود و به‌شدت نسبت به انحرافاتی که بروز می‌کرد، حساس بود و برخورد صریح می‌کرد.
به گزارش پایداری ملی، به نقل از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، بیانات رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار دست‌اندرکاران همایش بررسی اندیشه‌های فلسفی علامه محمدتقی جعفری که در تاریخ 22 آبان 96 برگزار شده بود، صبح امروز در محل این همایش در مصلی تبریز منتشر شد.
حضرت آیت الله خامنه‌ای در این دیدار با اشاره به مراتب بالای علمی و تبلیغی علامه جعفری، گفتند: یکی از بارزترین خصوصیات مرحوم علامه جعفری «جامعیت» بود، یعنی ایشان در یک رشته خاص منحصر نشده بود و در فقه، فلسفه، تبلیغ و هنر برجسته و بسیار پر کار بود و هیچ بخشی از گستره‌ی عظیم علمی و فکری، ایشان را از بخش دیگر غافل نکرد.
ایشان، علامه جعفری را هنرمند و هنرشناس دانستند و در خصوص ویژگی دیگر آن مرحوم یعنی «احساس مسئولیت برای گستراندن معارف اسلامی»، گفتند: جایگاه ممتاز علمی و فکری هیچ‌گاه مانع از فعالیت‌های تبلیغی علامه جعفری و ارتباط ایشان با جوانان، دانشجویان، علما، اساتید و عموم مردم نشد.
رهبر انقلاب اسلامی، «تعصب دینی و حساسیت در مقابل انحرافات فکری» را ویژگی دیگر علامه جعفری خواندند و افزودند: علامه جعفری به شدّت نسبت به مسائل دینی متعصب و پایبند بود و در مقابل انحرافات فکری، صریحاً برخورد، و در مقابل دشمنی‌ها ایستادگی می‌کرد.
حضرت آیت الله خامنه‌ای با ابراز خرسندی از برگزاری همایش نکوداشت علامه جعفری و اقدام برای شناساندن ابعاد فکری ایشان، گفتند: امیدواریم این بزرگداشت موجب شود شخصیت مرحوم علامه جعفری و افکار ایشان از غربت خارج شود.