متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأثر و تأسف اطلاع یافتم که عالم ربانی و معلم اخلاق آیة‌الله آقای
حاج آقا مرتضی تهرانی رحمة‌الله‌علیه دار فانی را وداع گفته و ان‌شاءالله
به مأمن رضای الهی در جوار مرقد حضرت علی‌بن‌موسی‌الرضا علیه السلام بار
یافته اند. عمر با برکت این فقیه عالیقدر و سالک الی الله سرشار از نورانیت
و صفا و خدمت به دین و اخلاق بود و جمع زیادی از جوانان پاک‌نهاد و فاضل
از سرچشمه‌ی فضائل علمی و اخلاقی ایشان بهره‌مند گشته و در صراط مستقیم
ثبات یافته‌اند.
این مصیبت را به خاندان گرامی و فرزندان محترم و دیگر
وابستگان و به شاگردان و ارادتمندان ایشان صمیمانه تسلیت عرض میکنم و علو
درجات ایشان را از خداوند متعال مسئلت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۳۰ تیرماه ۱۳۹۷