براساس نامه مورخ ۶ آبان ماه عباسعلی کدخدایی سخنگو و قائم مقام دبیر شورای نگهبان به علی لاریجانی رئیس مجلس، این مصوبه مجلس حاوی 22 اشکال است که مهمترین آنها عبارتند از:
*عدم امکان تعریف حق شرط برای تعریف تروریسم در کنوانسیون CFT
۱- در اولین و البته مهمترین اشکال شورای نگهبان به لایحه مزبور آمده است: «در بند ۲ ماده واحده، اطلاق آن نسبت به مواردی که طرف مقابل، شرط را قبول ندارد و یا شرط، خلاف مقتضای کنوانسیون می‌باشد، خلاف موازین شرع و مغایر با بند ۱۶ اصل ۳ قانون اساسی شناخته شد. بندهای ۳، ۴ و ۵ مبنیاً بر ایراد مزبور واجد اشکال می‌باشد». در توضیح این اشکال باید اشاره داشت که مجلس در بند 2 ماده واحده لایحه الحاق ایران به کنوانسیون مقابله با تامین مالی تروریسم، مصوب کرده بود که تعریف عمل ترویستی را مشتمل بر مبارزات مشروع مردمی علیه سلطه استعماری و اشغال خارجی نمی‌داند. اما شورای نگهبان اعتقاد دارد که این حق شرط نمی‌تواند از مغایرت کنوانسیون با شرع و قانون اساسی جلوگیری نماید.
این دیدگاه شورای نگهبان از لحاظ حقوق بین الملل کاملا صحیح است زیرا طبق ماده 20 کنوانسیون بین‌المللی حقوق معاهدات 1969، کنوانسیون وین، حقّ شرط و تحفّظ در صورتی پذیرفته خواهد شد که با آن مخالفت نشود و مطابق با اقتضائات کنوانسیون باشد. در صورت مخالفت، آن شرط میان آن دو کشور اجرا نمی‌شود و همان تعهدات متن کنوانسیون، میان آنها حاکم خواهد بود. در این رابطه، نمونه‌های متعددی وجود دارد که حق شرط‌های دولت‌های مختلف خصوصاً پیرامون تعریف از تروریسم پذیرفته نشده است. به‌عنوان مثال، پس از پذیرش کنوانسیون CFT توسط مصر، این کشور در بیانیه تفسیری خود مدعی شد که مقاومت ملی در تمامی صورت‌هایش شامل مقاومت مسلحانه در برابر اشغال و تجاوز خارجی با توجه به اصل آزادی و خودیاری را به‌عنوان فعالیت تروریستی تلقی نمی‌کند، اما در برابر این اقدام، آمریکا اعلام کرد اعلامیه تفسیری مصر دامنه کنوانسیون را محدود می‌کند، در تناقض با موضوع و هدف آن است، ماده 6 کنوانسیون را نقض می‌کند و نقض ماده 20 کنوانسیون بین‌المللی حقوق معاهدات است.
*عدم وجود عبارت «لیست سیاه» در اسناد FATF
۲- شورا در بند 3، به تبصره ماده واحده لایحه الحاق ایران به کنوانسیون مقابله با تامین مالی تروریسم اشکال نموده و گفته است: «در تبصره ماده واحده، منظور از «لیست سیاه» روشن نیست، پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد». در تبصره ماده واحده، نمایندگان مجلس تصویب کرده بودند: «دولت صرفا پس از خارج شده جمهوری اسلامی ایران از لیست سیاه گروه ویژه اقدام مالی، میتواند سند الحاق به کنوانسیون را نزد امین اسناد، تودیع نماید». این اشکال شورای نگهبان نیز کاملا وارد است زیرا در اسناد FATF، واژه «لیست سیاه» وجود ندارد. توضیح آنکه، کشورها بر اساس طبقه بندی FATF، به سه دسته تقسیم می‌شوند:
الف- کشورهایی که نام آنها در بیانیه عمومی این نهاد ذکر شده است. این کشورها از این جهت در بیانیه عمومی جای میگیرند که از دید FATF، رژیم‌های مبارزه با پولشویی و تامین مالی تروریسم آنها ضعیف است. این کشورها خود دارای دو دسته می‌شوند: کشورهایی که باید علیه آنها اقدامات متقابل صورت گیرد و کشورهایی که تعلیق از اقدامات متقابل هستند و باید در تعامل با آنها نهایت احتیاط را به خرج داد.
ب- کشورهایی که نام آنها در لیست تحت نظارت FATF، قرار دارد.
ج- کشورهای دسته سفید که FATF هیچ کدام از آنها را تحت دو دسته فوق، ذکر نکرده است و روابط تجاری- بانکی با آنها مشکلی ندارد.
*ایراد ماده ۶ کنوانسیون CFT
۳- شورای نگهبان در بند ۶ نامه خود به ماده 6 کنوانسیون CFT اشکال گرفته و اعلام کرده است: «طبق ماده ۶ دولت نمی تواند هیچ حق شرطی را در خصوص الحاق به این کنوانسیون قبول کند. لذا در خصوص گروه‌های تروریستی، اصل کنوانسیون باید مورد قبول دولت قرار گیرد که خلاف شرع است». در ماده 6 این کنوانسیون، آمده است: «هر کشور عضو در موارد لزوم و عندالاقتضاء اقداماتی را نظیر تدوین قانون داخلی اتخاذ خواهد نمود تا اطمینان حاصل نماید اعمال جزائی منظور در این کنواسیون تحت هیچ گونه شرایطی با توجـه بـه ملاحظـات مربوط به ماهیت سیاسی، فلسفی عقیدتی، نژادی، قومی، مذهبی و یا غیره توجیه نباشند». در یادداشت تحلیلی شورا در تاریخ 21 آبان ماه درباره این موضوع آمده است: «اطلاق ماده 6 کنوانسیون، شامل مواردی همچون موارد مشروع نظیر دفاع مشروع و ... میگردد و همچنین دیگر رفتارهای گروه‌های مقاومت و ... نیز قابل استثنا شدن از این معاهده نخواهد بود؛ بنابراین، ماده 6 کنوانسیون، خلاف موازین شرع و مغایر اصل 154 و بند 16 اصل 3 قانون اساسی که بر وظیفه حمایت بی‌دریغ از مستضعفان جهان تاکید کرده است، خواهد بود».
*ماده ۱۸ کنوانسیون CFT برخلاف مصلحت و امنیت کشور است
۴- شورای نگهبان در بند شماره 20 نامه خود، به ماده 18 کنوانسیون مقابله با تامین مالی تروریسم اشکال وارد ساخته است. در ماده 18 کنوانسیون مقابله با تامین مالی تروریسم، آمده است: «کشورهای عضو به‌منظور جلوگیری از ارتکاب جرائم مندرج درماده 2 از طریق اتخاذ کلیه اقدامات عملی منجمله تعدیل قوانین داخلی خود با یکدیگر همکاری خواهنـد نمـود. در قسمت«د» بند 1 این ماده آمده است: «موسسات مالی باید ملزم شوند که اطلاعات مربوط به مبادلات مالی، اعم از داخلـی یا بین‌المللی، را دست کم به مدت ٥ سال نگه دارند». این قسمت به این معنا است که تولید و نگهداری اطلاعات مربوط به مبادلات مالی( تمامی افراد و نهادها) باید در دستور کار نهادهای مالی کشورهای عضو قرار بگیرد. در بخش 3 همین ماده، ذکر شده است: «کشورهای عضو همچنین در امر جلوگیری از ارتکاب جرائم منـدرج درمـاده 2 از طریـق تبـادل اطلاعات صحیح و موثق با یکدیگر همکاری خواهند نمـود و اقـدامات هماهنگ اداری و غیره را بطور مقتضی جهـت جلـوگیری از ارتکـاب جـرائم منـدرج در مـاده 2 بالاخص درموارد ذیل به‌عمل خواهند آورد:
الف) ایجاد و حفظ کانال‌های ارتباطی بین آژانس‌های ذیصلاح و خدماتی جهت تسهیل در امـر تبادل امن و سریع اطلاعات مربوط به کلیه جوانب جرائم مصرحه در ماده 2.
ب) همکاری با یکدیگر در انجام بازپرس‌های مربوط به جرائم مندرج در ماده 2 در مورد:
هویت، وضعیت مکانی و فعالیت‌های افرادی که به‌طور معقول درمورد آنـان ایـن شـک وجود دارد که در ارتکاب این جرائم دخالت دارند؛
انتقال وجوه مربوط به ارتکاب چنین جرائمی».
مشاهده می‌شود که این قسمت در پی ایجاد کانال موثر تبادل اطلاعات پیرامون فعالیت‌های مالی افراد و نهادها میان کشورهای مختلف است. اشکال شورای نگهبان به این ماده بدین خاطر است که ممکن است این انتقال اطلاعات به مواردی همچون اعمال مشروع دفاعی که ایران برای خود چه به صورت مستقیم از طریق نیروهای دفاعی کشور و چه به صورت نیابتی همچون جریانهای منطقه ای به کار می‌گیرد، مربوط شود. روشن است که در این صورت، اجرای این ماده از کنوانسیون CFT، خلاف مصلحت و امنیت کشور است. ناگفته نماند که هم اکنون، یکی از مصادیق شمول تعریف تروریستی بر اعمال مشروع دفاعی، اقدامات دفاعی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی می‌باشد. در حال حاضر، کشور آمریکا تعداد قابل توجهی از سازمان‌ها و نهادهای ایرانی منتسب به سپاه پاسداران را مصداق گروه‌های حامی تروریسم شناسایی کرده است و ذیل دستور اجرایی ۱۳۲۲۴ تحریم نموده است. طبیعی است که پیوستن به کنوانسیون CFT بدون ملاحظه این امر، منجر به ایجاد هزینه‌های سیاسی و حقوقی برای کشور می‌شود.
علاوه بر نکات فوق، لازم است به این موضوع اشاره شود که در پایان نامه شورای نگهبان به رئیس مجلس صراحتا آمده است که به فرض «غیرقابل اصلاح بودن اشکالات وارد بر کنوانسیون» لایحه فوق خلاف منافع و امنیت ملی کشور و مغایر شرع است. تصریح شورای نگهبان، حاوی یک نکته تامل برانگیز است. اینکه رفع اشکالات وارده از دو طریق میتواند صورت گیرد، یا باید متن کنوانسیون اصلاح شود، که چنین چیزی مقدور نیست. یا باید با حق شرط، اشکالات را حل نمود که این امر نیز طبق اولین اشکال شورا به کنوانسیون نشدنی است.
انتظار می رود کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس در جریان بررسی مجدد لایحه الحاق ایران به کنوانسیون CFT از تصمیم گیری شتابزده و سیاسی درباره این موضوع خودداری کند و به اشکالات شورای نگهبان بخصوص اشکالات فوق، توجه ویژه ای داشته باشد.